Заняться реальным делом Фурцевой не удалось. Она попала в ЦК комсомола в разгар репрессий, которые фактически блокировали нормальную работу всех учреждений и институтов страны. В 1937 году шли аресты руководителей комсомола. На пленумах Центрального комитета в «связях с врагами народа» обвиняли то одного, то другого секретаря ЦК. Как правило, его (или ее) тут же снимали с должности и исключали из комсомола. Затем появлялись чекисты… Так, 28 августа 1937 года на пленуме ЦК ВЛКСМ вывели из состава ЦК Татьяну Федоровну Васильеву, которая курировала работу среди женской молодежи. Арестовали и недавнего прямого начальника Фурцевой в Центральном комитете Ефима Лещинера.
Полный разгром аппарата ЦК комсомола произошел в ноябре 1938 года. Все комсомольские организации страны получили указание громить прежнее руководство во главе с уже арестованным бывшим генеральным секретарем ЦК Александром Косаревым. Прямо на пленуме ЦК сформировали новый состав секретариата во главе с Николаем Александровичем Михайловым, который никогда не учился, а рабочую жизнь начал в сапожной мастерской отца. Через много лет Фурцева сменит Михайлова на должности министра культуры…
Екатерина Фурцева вовремя ушла из центрального комсомольского аппарата, где шла безжалостная чистка. Ей не хватало образования, и она поспешила восполнить анкетный недостаток. Недолгая работа в ЦК ВЛКСМ помогла получить диплом. В 1937 году ее по комсомольской путевке направили учиться в Московский институт тонкой химической технологии имени М. В. Ломоносова. Она поступила в институт, не имея школьного аттестата зрелости.
Существовавшие до революции Московские женские курсы в 1918 году преобразовали во 2-й Московский университет. А в 1930-м его разделили на три института: Московский государственный педагогический, 2-й Московский медицинский и Институт тонкой химической технологии, который и выбрала Фурцева.
Училась Екатерина Алексеевна средне, потому что сразу пошла по общественной линии. Студентку с опытом политической работы избрали секретарем партийного комитета института, так что учеба отошла на второй план. Диплом о высшем образовании инженер-химик Фурцева получила в 1941 году, накануне войны. Работать по специальности ей не довелось.